13號線南延由深圳灣口岸站站后引出，出站后線路向西南方向敷設，再次下穿望海路后沿望海路西側敷設，終止于后海大道東北側，設歌劇院站。線路全長約3．2公里，采用地下敷設。

它將服務規劃十大重要文體設施——深圳市歌劇院，并提高深圳灣公園的軌道服務水平。