蓮花村站位于彩田路與紅荔路交匯處，車站沿彩田路南北向布置。車站為地下三層側式站臺鋼筋混凝土箱形框架結構，車站共設出入口4個：A2、B1、C2、E。

其中，B1口為既有3號線B1口；C2口接蓮花二村小區及既有3號線C口（彩田路東側）；E口蓮花山腳（彩田路西側）、A2口接中銀大廈北側及既有3號線A口（紅荔路南側）。